Jediné systematické řešení, které zatím bylo navrženo, je Jakube zakázání vkládání aplikací ho iframe. Ať již na úrovní HTML hlavičky nebo HTTP protokolu. Jiné řešení zřejmě neexistuje. Pokud by tě navržené řešení a diskuse okolo něj zajímala detailně, podívej se na http://lists.whatwg.org/pipermail/whatwg-whatwg.org/2008-September/thread.html#16284.
Pokud to projde, tak si prostě většina aplikací (kromě těch, které chtějí fungovat i jako gadgety) přidá tuhle hlavičku, počká se na nové verze prohlížečů a bude vystaráno. Do té doby nezbývá, než se vložení do iframe bránit JavaScriptem.