Názor k článku
Nette Framework: adresářová struktura aplikace

Kdysi se slučovalo až tak extrémně, že v index.php bylo všecko... :) Jinak - je to otázka "rozumné meze", kterou má každý programátor někde jinde. IMO je rozumné mít v index.php opravdu jen to nejnutnější, tedy cesty, základní include a nějaké main(); Něco jako býval stub.obj, kdo ho pamatujete :)