Jistě, sloučit by šly.
Já třeba většinou mám bootstrap a index sloučený (když píšu v Zendu nebo Nette).
Záleží na povaze frameworku, někde si skládáte strukturu sám (Zend, Nette) a tam si píšete index i bootstrap - pak to můžete sloučit (když k tomu máte důvod). V jiném frameworku (CakePHP, Code Igniter) dostáváte sktrukturu předvyplněnou a tam se bootstrap.php hodí.
Názor k článku
Nette Framework: adresářová struktura aplikace
