Názor k článku
Nette Framework: adresářová struktura aplikace

Sloučit by samozřejmě šly. Jen prostě aplikační kód raději vidím v adresáři s ostatním aplikačním kódem, než v document_root. Existují i ryze praktické důvody: mám třeba klienta, který provozuje cca desítku eshopů na různých doménách a subdoménách. Vnitřně jde o stále stejnou aplikaci, takže každý jednotlivý index.php definuje jen cesty a konstantu `SHOP_ID` pro rozlišení obchodu a volá bootstap.php, který už je pro všechny shopy společný.