Direktiva include_path má tu nevýhodu, že je nejednoznačná. Když napíšu include "compatibility.php", tak záleží na tom, v kterém adresáři z include_path se soubor najde jako první. Knihovna by si neměla dovolit direktivu sama přenastavit, protože když se přidá na začátek, tak mi přeplácne adresáře, ze kterých bych chtěl stejnojmenné soubory vkládat já, a když na konec, tak zase nemá jistotu, že se na ni dostane. Tím pádem je knihovna závislá na nastavení zvenku, což je otrava (a pořád zůstává problém se stejně pojmenovanými soubory v různých knihovnách).
Nezávislost na include_path je výhoda, nikoliv slabina.