Fragment HTML se používá protože innerHTML je daleko rychlejší, než operace přes DOM. A je daleko jednodušší na implementaci.
Posílat XML? Vždyť posíláme validní (x)HTML, není to totéž? KISS!
A pokud mám nějakou JS komponentu, pak dobře, ale ať má stabilní data API.
Dobrý serverový framework pozná, jestli je dotaz AJAX nebo ne. Pak může posílat fragment nebo celou stránku.