Chlape rozdil je jasnej.
jQuery je „maly“ framework, ktery s lehkou pouzitelnosti na manipulaci v DOM, animacich a podobne…je to takova malicka knihovnicka, ke ktere je spousta malickych pluginu…
Dojo je velkej framework (plnohodnotny) v plne palbe se vsim vsudy…(locales, date, form prvky, X nastroje…) kdybych to mel prirovnat k PHP, tak bych rekl, ze svuj/muj vlastni malinky frameworcicek je dobry na malinke aplikace, ale postavis na nem i velkou, i kdyz tam uz se vyhoda ztraci – jQuery.
Oproti tomu Dojo je takovy Zend Framework – jadro vice nez velke, mnoho knihoven, velke moznosti, ovsem na malicke aplikace neni vhodny.
P.S. Prirovnani mozna pro zkusenejsi zavadejici (neni presne), ale pro „zacatecnika“ prorovnani pochopitelne ;)