Mně osobně se CouchApp moc nelíbí, hlavně kvůli tomu, jak se ukládají ddocy na disk. Mám rozpracovaný podobný prográmek (ale v Ruby), kde jeden ddoc není adresář, ale soubor. Zatím to nehodlám zveřejňovat, protože parsování je vyloženě naivní, ale RKelly (i když už se nevyvíjí) vypadá jako super řešení.
Jinak řešení s preprocesorem je pěkné, ale v nějaké budoucí verzi (snad už 0.11?) by mělo být možné do ddoců normálně ukládat funkce a používat require z CommonJS – aspoň jsem to nedávno viděl v mailinglistu, nevím, jestli už je to v SVN.